Viromska analiza RNA virusov v vzorcih Triglavskega ledenika in ledenika pod Skuto

Povzetek

V ledenikih se kljub nizkim temperaturam in omejeni količini dosegljive vode ter hranil skriva velika biološka raznolikost. V ledeniških mikrobnih skupnostih prevladujejo bakterije, alge in glive. Znanje o virusih v teh ekstremnih okoljih pa je omejeno, kar smo želeli nasloviti z viromsko analizo slovenskih ledenikov: Triglavskega ledenika in ledenika pod Skuto. Iz koncentriranih vzorcev staljenega ledeniškega ledu smo izolirali ribonukleinske kisline (RNA), jih pomnožili z naključnimi oligonukleotidnimi začetniki in netarčno določili njihova zaporedja s platformo Illumina. S pomočjo bioinformatskih analiz smo v pridobljenih podatkih poiskali virusna zaporedja in jih taksonomsko uvrstili. Odstotki odčitkov, ki so se klasificirali kot virusni, so bili pričakovano nizki. Kljub osredotočenosti na opis raznolikosti RNA virusnih zaporedij, smo v vseh vzorcih slovenskih ledenikov najbolj pogosto zaznali virusne odčitke, ki so pripadali DNA bakteriofagom, klasificiranim v svet Duplodnaviria. Virusna zaporedja odkrita v vzorcih slovenskih ledenikov so večinoma izkazovala nizke identitete z znanimi virusnimi zaporedji iz podatkovnih baz, kar kaže na prisotnost številnih novih virusnih vrst. Daljša sestavljena virusna zaporedja verjetno predstavljajo celotne genome novo odkritih RNA virusov (npr. virusna zaporedja iz skupine toti-podobnih in picorna-podobnih virusov). Za taka zaporedja smo s filogenetskimi analizami pokazali, katerim znanim virusom so najbolj sorodni in kakšne organizme potencialno okužujejo. Raziskava viroma slovenskih ledenikov predstavlja prvi vpogled v prisotnost virusov v teh okoljih pri nas in razkriva, da se v njih skriva velika in neraziskana raznolikost teh bioloških entitet.